Höhe der Zollkosten
Gebühr nach dem zeitlichen Aufwand (§ 3 und § 4 Zollkostenverordnung)
Für kostenpflichtige Amtshandlungen, die die Anwesenheit von Zollbediensteten erfordern, wird eine Gebühr bestehend aus einer Grundgebühr und einer Stundengebühr festgesetzt.

Der Stundengebührensatz beträgt aktuell

für die Bewachung und Begleitung 35 Euro und
für andere Amtshandlungen 45 Euro.
Die Stundengebühr, die sich nach der Dauer der Amtshandlung bemisst, wird je angefangene Viertelstunde auf Grundlage eines Viertels des Stundengebührensatzes ermittelt. Die Grundgebühr entspricht grundsätzlich der Stundengebühr für eine volle Stunde.
So würde z.B. für eine von einer Zollbeamtin oder einem Zollbeamten außerhalb des Amtsplatzes durchgeführte Warenabfertigung von 20 Minuten Dauer eine Gesamtgebühr von 67,50 Euro (45 Euro Grundgebühr plus 22,50 Euro zwei Viertel des Stundengebührensatzes von 45 Euro) festgesetzt werden.

Untersuchungsgebühr (§ 6 Zollkostenverordnung)
Die Gebühr für wissenschaftliche Untersuchungen richtet sich nach einem speziellen Gebührentarif (Anlage 1 zur Zollkostenverordnung). Dieser berücksichtigt jeweils nach der untersuchenden Ware die Anforderungen an den Aufbau der Untersuchungsanlage, die Untersuchung selbst, den Abbau und die Reinigung der Untersuchungsanlage sowie die Dokumentation des Untersuchungsergebnisses.

Gebühr bzw. Auslagenerstattung für die Lagerung von Nicht-Unionswaren (§ 7 Zollkostenverordnung)
Für die Lagerung von Nicht-Unionswaren durch die Zollstelle wird eine Verwahrungsgebühr erhoben. Die Vorschrift kommt überwiegend für aus Drittländern stammende Postsendungen zur Anwendung.

Die Gebühr beträgt pro Tag

für Post- und Kuriersendungen bis 20 Kilogramm je Packstück 0,50 Euro,
für andere Stückgüter 0,50 Euro für jede angefangenen 50 Kilogramm und
für andere Sendungen 0,15 Euro für jede angefangenen 100 Kilogramm, mindestens jedoch 6 Euro.
Bei der Berechnung der Gebühr bleiben der Tag der Gestellung und der Tag der Annahme der Zollanmeldung unberücksichtigt.

Geben Zollbehörden Waren einem Dritten in Verwahrung, werden die entstandenen Auslagen erhoben.

Schreibauslagen (§ 8 Zollkostenverordnung)
Für auf Antrag gefertigte Schriftstücke und Ablichtungen werden

für die ersten 50 Seiten 0,50 Euro je Seite und
für jede weitere Seite 0,15 Euro erhoben.
Gebühren für Maßnahmen im gewerblichen Rechtsschutz (§ 9 Zollkostenverordnung)
Auch die Gebühren für Maßnahmen der Zollbehörden im Bereich des gewerblichen Rechtsschutzes richten sich nach einem speziellen Gebührentarif (Anlage 2 zur Zollkostenverordnung). Nur wenn die tatsächlichen Aufwendungen in einem groben Missverhältnis zu den Pauschalen des Gebührentarifs stehen, können diese unmittelbar erhoben werden (§ 9 Abs. 2 Zollkostenverordnung).

Erst mit der Änderung der Zollkostenverordnung zum 6. Mai 2014 wurde die Gebührensystematik für Maßnahmen im Bereich des gewerblichen Rechtsschutzes (Kosten für die Aussetzung der Überlassung, Zurückhaltung oder Beschlagnahme von Waren, einschließlich ihrer Lagerung und Vernichtung) auf die Anwendung eines Gebührentarifs umgestellt. Damit wurde eine größere Kostentransparenz erreicht.

Kleinbetragsregelung (§ 11 Zollkostenverordnung)
Gebühren von weniger als 5 Euro je Einzelfall werden nicht erhoben.